Корпус MSI MAG FORGE M100R выполнен в формате MicroATX/mini-ITX и имеет типоразмер Mini (Micro)-Tower. Он поддерживает установку материнских плат соответствующих форматов и обеспечивает размещение одного накопителя формата 3,5", двух накопителей формата 2,5", а также одного комбинированного отсека для накопителей 2,5"/3,5". В корпусе предусмотрено четыре слота расширения, а также возможность установки видеокарты длиной до 300 мм и процессорного кулера высотой до 160 мм. Для охлаждения корпус MSI MAG FORGE M100R оснащен четырьмя предустановленными вентиляторами с ARGB-подсветкой: три вентилятора на передней панели и один на задней. Также на верхней панели предусмотрены места для установки двух дополнительных вентиляторов диаметром 120 мм. Для обеспечения совместимости с системами жидкостного охлаждения имеются отверстия для СВО. Передняя панель корпуса выполнена из пластика, а боковая панель из закаленного стекла, что позволяет видеть внутренние компоненты. Шасси корпуса изготовлено из стали, боковые стенки снимаются для удобства сборки и обслуживания. Для эффективного управления кабелями предусмотрена система их организации. На панели ввода-вывода корпуса MSI MAG FORGE M100R расположены два порта USB 2.0, один порт USB 3.2 Gen 1 Type-A, а также разъемы для подключения наушников и микрофона. Габариты корпуса составляют 388 x 200 x 423 мм, масса – 4,14 кг.